Возведенный в сан иеромонаха, преподобный Никон вернулся в Троице-Сергиеву лавру и стал любимым и близким учеником преподобного Сергия. Видя духовную зрелость и опытность преподобного Никона, преподобный Сергий перед смертью назначил его своим преемником.
Став игуменом, преподобный Никон поддерживал все, что было установлено учителем: любил молитву и пост, трудился наравне с братией, о которой постоянно с любовью заботился.
При преподобном Никоне 5 июля 1422 г., во время строительства нового храма во имя Живоначальной Троицы, были обретены нетленные мощи преподобного Сергия Радонежского.
После многих трудов и подвигов преподобный Никон скончался 17 ноября 1426 г. и был погребен близ раки своего учителя. В 1560 г. над могилой преподобного был построен храм во имя его. Мощи преподобного Никона, почивающие здесь под гробницей, отделяются от раки великого Сергия одной каменной стеной.
